FolkeFeries feriehuse blev beslaglagt både under og efter krigen. Under krigen af tyskerne. Blanchs Hotel på Bornholm, det som i dag er Sandvig Feriecenter, led den lidt specielle skæbne først at blive beslaglagt af russerne og siden af tyskerne.

Efter krigen var det flygtningeadministrationen som beslaglagde feriehusene. Ødelæggelserne efter beslaglæggelserne var meget omfattende, og det førte til store økonomiske problemer for FolkeFerie.

Næstved Strandhuse (Karrebæksminde Feriecenter) blev beslaglagt i 1945, det skulle huse tyske flygtninge. Ødelæggelserne var gennemgribende: ”Ødelæggelserne er saa rationelt gennemført, at f.eks. 28 W.C. Skaale simpelthen er slaaet itu – trods en dansk Militærvagt paa 20 – 30 Mand, der opholdt sig i Lejren, saalænge der var Flygtninge.”

Middelfart Strandhuse (Middelfart Feriecenter) var beslaglagt hele 1945, og også her var ødelæggelserne meget omfattende: ”… idet det ikke blot er Bygningerne, men alt vort Inventar, der paa dette Sted er gaaet med i Ødelæggelsens Vederstyggelighed.”

Middelfart Strandhuse husede 510 flygtninge, og næsten alle flygtninge var kvinder og børn. Ca. 25 børn kom til verden i Middelfart Strandhuse i denne periode. I 1946 fik Dansk FolkeFerie strandhusene tilbage.

Til Nykøbing Falster Strandhuse (Marielyst Feriecenter) ankom en hel række højere naziofficerer nogle få dage før kapitulationen den 5. maj. Disse naziofficerer var ledsaget af både oppassere og damer. ”… og Rygtet gik, at det var ”Generalstaben” til den sidste Kamp i Danmark, der var ankommet til vor Ferieby, saa vi frygtede det værste for vort smukke Feriested.

Efter kapitulationen overgav de sig og blev interneret i feriebyen. ”Kun 11 Dage var Selskabet i Feriebyen, men det tog flere Uger at faa Snavset ud efter dem, at samle Vaaben, Ammunition, Beklædningsgenstande, Flasker, Madvarer o.s.v. sammen og at faa desinficeret og malet overalt.”

Ved sommersæsonens start var alt igen i orden i feriebyen. Men i oktober blev feriebyen igen beslaglagt, denne gang af flygtningeadministrationen. FolkeFerie fik strandhusene tilbage i 1946.

Til trods for befrielsen var 1945 altså ikke et forretningsmæssigt godt år for FolkeFerie. I årsberetningen fra 1945 omtales året som ”beslaglæggelsens mørke år.”

Til at begynde med tog man beslaglæggelserne roligt i det man forventede at man ville få en økonomisk kompensation. Men FolkeFerie endte med meget store økonomiske tab i forbindelse med disse beslaglæggelser. I årsberetningen for 1946 skriver man: ”Bestyrelsen tog, da Beslaglæggelserne fandt Sted, ret roligt paa disse Sager, idet vi gik ud fra, at Ejendommene igen vilde blive istandsatte og overladt os i hæderlig Stand, saaledes at vore Ofre paa Krigstidens Alter kun vilde blive selve Mangelen af vore Feriesteder og den derved tabte eventuelle Fortjeneste; men det gik helt anderledes:…”